畜牧基因組技術指的應用于畜牧產業(yè)的基因技術，該項技術應用的實現主要分為三步：第一步需要建立一個參考群，記錄一些表型數據，例如目標體重的動物日齡、生長速度、肉質、抗病性等性狀；第二步需要使用芯片對這些參考群的動物進行基因測序，研究其基因型和表型性狀之間的關系；最后跨越動物生理生長周期，通過芯片測定動物有哪些基因，就可以得到豬的基因型與總值，無需實際等待動物長大。
   畜牧基因組技術在畜牧領域有著廣闊的應用領域和良好的應用前景。一是，可以降低畜牧養(yǎng)殖成本，通過畜牧基因組技術培育優(yōu)良品種，讓動物生得多，死得少，長得快，吃得少；二是可用于冬雨疫病檢測，如疫苗接種、病菌監(jiān)測、疾病診斷等；三是提高畜牧產品的品質，培育肉質更好、口感更好的家畜；此外，該技術還有利于改善動物腸道菌群，進而改善生態(tài)環(huán)境。
  當前關于畜牧基因組的研發(fā)機構較多，其中中國農業(yè)大學、華中農業(yè)大學、浙江大學、江南大學、復旦大學、華南農業(yè)大學等多所高校在該領域的研發(fā)及技術成果較多。企業(yè)方面，國內越來越多的企業(yè)不斷加強該項技術的研發(fā)，并取得了一系列研發(fā)和應用成果。
   北京康普森生物技術有限公司是該領域起步時間較早的企業(yè)，公司于2011年成立，以基因組檢測為基礎，深耕農業(yè)領域。公司已研發(fā)出多種基因組檢測產品，如豬SNP分型芯片 “中芯一號”基因芯片、中國地方雞種SNP分型的中高通量芯片“京芯一號”、中國蛋雞品種的基因分型芯片“鳳芯一號”、“鹽池灘羊基因（SNP）鑒定技術”等，其下屬康普森農業(yè)公司可提供個性化育種方案制定、畜禽基因組選育、選配策略制定、遺傳疾病評估、功能基因檢測等一站式育種服務。
   石家莊博瑞迪生物技術有限公司是一家專注于動植物分子檢測和育種相關技術開發(fā)與應用的創(chuàng)新型企業(yè)，公司聯(lián)合蘭州大學研發(fā)了國內首款基于大規(guī)模基因組選擇參考群的高性能綿羊基因組育種芯片“蘭大•華羊芯”。
    雖然國內畜牧基因組技術及相關產業(yè)發(fā)展很快，但行業(yè)發(fā)展仍然面臨一些難題亟待解決。一方面，畜牧基因組技術尤其是芯片成本的應用成本很高，而養(yǎng)殖業(yè)利潤水平較低且市場波動較大，因此下游用戶采用該技術的積極性不足；另一方面，畜牧基因組技術需要基于大量表型性狀的數據的累積，這需要很長的時間，由于相關的育種數據積累不足，基因組選擇技術的優(yōu)勢沒有明顯的發(fā)揮出來；此外，畜牧基因組技術的技術壁壘較高，不僅對企業(yè)的生物技術能力要求較高，還對企業(yè)的大數據處理能力也有著較高的要求，具備相應實力的企業(yè)數量有限。